Pada 11 April 2017, Novel Baswedan diserang dua orang tak dikenal sepulang dari salat subuh berjamaah di Masjid Ihsan di dekat rumahnya, Kelapa Gading, Jakarta Utara. Kedua orang yang berboncengan dengan sepeda motor itu menyiramkan air keras ke wajah penyidik yang banyak mengusut kasus korupsi besar ini. Mata kiri Novel rusak hingga 95 persen dan harus menjalani operasi berkali-kali di Singapura.
Hingga masa tugas TGPF berakhir dan mengumumkan hasilnya pada 17 Juli 2019, investigasi gagal mengungkap pelaku penyerangan dan ataupun aktor intelektual gagal diungkap.